一般地，含盐量为苦咸水范围的某些井水水源是呈还原态的，这类水源的典型特点是含有二价铁离子和锰离子，此时反渗透膜发生污堵的主要原因之一就是铁、铝和淤泥（硅酸铁或硅酸铝），如果对这类需要反渗透膜处理的水源进行加氯处理，然后进行脱氯处理或水中含氧量达到5ppm以上，二价铁就会转化成三价铁，并形成难溶性的胶体氢氧化物颗粒。
下面为亚铁和锰的氧化反应：
因为铁氧化发生的pH值更低，使得反渗透膜铁污堵出现的频度比锰污堵要高得多。即使SDI15小于5，反渗透膜进水中的亚铁含量低于0.1mg/L，仍然会出现反渗透膜的污堵问题。由于FeCO3的溶度积低，而Fe2+的浓度则受到FeCO3溶解度的制约，通常碱度低的水源含铁的浓度比碱度高的水源要高。
引起反渗透膜膜面上沉积可溶性的二价铁和相关三价铁的污染物的可能情况为：
❖ 氧气进入到含二价铁的反渗透膜进水中；
❖ 高碱度水源形成FeCO3；
❖ 铁与硅反应形成难溶性的硅酸铁；
❖ 受铁还原细菌氧化作用影响，将会加剧生物膜的滋生和铁垢的沉积；
❖ 由含铁絮凝剂转变引起的胶体状铁；
❖ 来自钢管或其它部件腐蚀产物的沉淀；
❖ 含二价铁的水源与含H2S的水源混合，形成黑色难溶硫化铁FeS。
处理这类水源的一种方法是防止反渗透膜整个系统与空气或任何氧化剂(如氯)的接触，低pH值有利于抑制Fe2+的氧化，当pH<6，氧<0.5mg/L时，允许Fe2+浓度不超过4mg/L。
