生物污堵是操作陶氏纳滤膜系统时，最常见且最严重的问题，特别是在使用地面水或有细菌污染的水源，控制微生物的活动尤为重要，适当的设计与操作陶氏纳滤膜预处理系统十分必要。取样和分析过程的训练应作为操作培训的一部份，这样任何微生物活性的增加，早期时即可处理。
如果陶氏纳滤膜系统现场没有分析微生物样品的实验设备，需找寻合适的实验室来做分析工作。若不能在现场分析，样品需先放置在冰箱内，并应在取样8小时内，进行分析。
陶氏纳滤膜系统设置合适的取样点控制微生物，至少需要在以下位置设置取样点：
1、在加氯之前地表水取水点或井水出水口取样。
2、在澄清池、沉淀池、活性污泥接触单元或类似沉淀工艺过程之后进行取样。
3、在砂滤、多介质过滤、活性炭或其他预处理过滤单元之后取样。
4、除氯并位于最后预处理系统之后进行取样。
5、浓水中和产水中分别设置取样点。
取样和分析的次数根据陶氏纳滤膜发生生物污堵的风险而定，对使用地表水的陶氏膜系统，上述提到的第4取样点应每日检查，其它各取样点则每周取样和分析一次。
