有几种情况是造成纳滤膜的污堵原因，膜系统的进水水质取决于水质，例如河水水质会随季节发生变化，由于纳滤膜的污堵与给水水质密切相关，一年中不同的季节会出现特征明显不同的污堵现象。
碳酸钙（CaCO3）沉淀取决于进水的pH值。由于使用了阻垢剂，为了防止浓水中碳酸钙沉淀，仅需使纳滤膜进水的pH值降至7即可，这样能够大大节省调节pH值的硫酸用量。
针对纳滤膜系统，在絮凝阶段的整个系统进水中就降低pH值，以便在预处理阶段提高TOC和游离铝离子的脱除率。如果在预处理酸化处理部分出现了误操作，即在纳滤膜本体进口直接加硫酸将pH值调低到7，会导致在膜系统第三段迅速地发生污堵。
分析表明第三段浓水中铝的浓度很高，下图说明这种污堵可能是由于纳滤膜浓水侧存在大量铝所引起的，随着浓水中铝浓度的增加，产水量随时间的下降程度会加剧。
通过小试获得了使用铝盐进行絮凝的适当pH值范围，根据铝的溶解度曲线，pH值在6.8~7.0之间，水中残留铝离子的量最低，此外，在预处理中，TOC的脱除也取决于水的pH值，效果比较好的pH值范围是6.8~7.0。
凝絮如果不是在此pH值范围进行，当再加入酸时，将会发生沉淀，在纳滤膜的浓缩过程中，这种现象会加剧，因为除了沉淀之外，在膜的浓水侧，还存在铝离子浓缩倍率因素的影响。
