苦咸水反渗透膜系统运行的正确方法：
1、保持产水流量、回收率、总浓水排放量和运行压力符合设计范围
2、任何由于温度或污染所引起的膜通量的变化需要通过调整进水压力来补偿，但不能超过规定的最高进水压力，也不允许让反渗透膜容纳太多的污垢。
3、如果进水水质分析报告发生变化造成结垢倾向增加，则应
（1）增加系统浓水的排放量
（2）降低系统的回收率
（3）采取其它措施以符合新的系统状况
常见的情况是须根据需要调节苦咸水反渗透膜系统的产水量。设计时通常按照用水高峰确定系统规模，因此，不能采取超过设计产水量的操作，系统产水量的调节就只能是指降低系统出力。
当不需要产水时，简单的方法就是停止苦咸水反渗透膜系统的运行，然而系统的频繁启动与停止将会影响反渗透膜的性能和寿命，为了得到相对平稳的运行，可设计产水缓冲储罐。
减低操作压力是另一种减少苦咸水反渗透膜系统产水量的方法，此时选用转速可调高压水泵还可以节能。当降低产水量时，如果希望保持系统原有回收率不变，须经过计算机膜系统分析软件进行核算，确保单支反渗透膜元件的回收率不会超出它们的极限，有时在低产水流量运行期间，苦咸水反渗透膜系统脱盐率会比设计产水流量运行条件时低，同时还必须注意在低流量运行时，确保系统的浓水流量超过最小浓水流量。
还有一种降低产水量的做法是让多余的产水返回到反渗透膜之前与原水混合，这样可以保证膜的水力学和压力状况基本恒定，这时最终产水品质将会提高，循环返回的产水对反渗透膜具有一定的清洗作用。
